納税額＜未納付の源泉徴収税額　の場合の納税について

個人事業主の確定申告についてケーススタディでご教示ください

・納税額：100,000円
・未納付の源泉徴収税額：200,000円
・源泉徴収税額の納付届出書は提出する

この場合、申告書と源泉徴収税額の納付届出書を提出して100,000円還付されるのを待つだけでよいのか、
それとも、100,000円納税して200,000円還付されるのを待たなければならないのか、どちらでしょうか？
前者としたい場合に他に必要な手続きがあればそれについてもご教示ください。

個人事業主の確定申告

投稿日：2026/02/08
回答件数：3件

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税理士・会計事務所からの回答

相田会計事務所
東京都文京区千石３－１４－５パークハイム千石４０３
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納税額、というのは予定納税額でしょうか。これは納税していてもしていなくても予定納税額の欄に記載することになります。
あるいは、納税額、というのは源泉徴収税額のことでしょうか。これであれば、源泉徴収税額の欄に記載します。ただ、これは、ご自身の請求、売上に関するもので、相手方が天引した残額を払ってくるもの。源泉税額については、ご自身が納付するものではなく、あくまで、得意先の方で、源泉徴収し、納税されているものです。

あるいは、ご自身が源泉ありの外注費等の支払いをしている。ご自身は源泉徴収義務者ではなかった。ただ、請求書に源泉の記載があったので天引き後のものを支払い、源泉税相当のものが手残りとしてある。
この場合は、まず、ご自身が源泉徴収義務者であるか否かを確認し、源泉徴収税義務者でなければ、手残りの源泉税額を、外注先の方にしはらってあげることになります。他方、源泉徴収義務者であれば、源泉納付漏れ、遅延が生じていますね。ただ、源泉納税義務者の届け出も出されていない、といった段階なので、その前の、そもそも、源泉徴収義務者であるか否か、給与等を払うものなのか否かを確認するところから始まるでしょうか。
回答日：2026-02-08
- 質問者からの返信
  回答ありがとうございます。質問の仕方を変えます。
  
  確定申告書第1表の内容が以下の場合、
  
  　50　申告納税額：100,000円
  　52　第3期分の税額　納める税金：100,000円
  　61　未納付の源泉徴収税額：200,000円
  
  ①最終的に100,000円還付される認識ですが合ってますか？
  ②50および52に金額が計上されているため、61の金額がそれを上回る場合でも61の金額を当方から納税しなければならないのか？
  ③相殺できるのであれば相殺したいのですが、その場合、申告書と源泉徴収税額の納付届出書を提出するのみで、100,000円還付されるのか？
  ④相殺にあたり他に必要な手続きがあればそれをご教示いただきたい
  
  ご教示ください
  返信日：2026-02-08
- 税理士・会計事務所からの返信
  未納付の源泉徴収税額、は、ご自身ではなく、支払調書の交付を受け、未納付源泉税額として記載されたものを書く欄で、一般的には未記載で出されることが大半です。支払調書事態交付はあくまで、任意ですし、未納付源泉税額の記載がされ、把握することが困難ですので。踏まえて、どこかに異なる前提で質疑をされている感がありますね。
  返信日：2026-02-08
- 質問者からの返信
  支払調書を交付され、その通りに申告書を作成したらケースのようになりました。支払調書調書の源泉徴収税額は二段書きになってます。
  返信日：2026-02-08
- 税理士・会計事務所からの返信
  であれば、収める税額は10万。
  未納源泉税額に記載があっても無くても、何ら影響を受けません。
  返信日：2026-02-08
- 質問者からの返信
  10万円納付してから、源泉徴収税額の納付届出書に基づいて20万円還付されるという順序ですか？
  源泉徴収税額の納付届出書を提出することで10万円を納付せずに、20万-10万＝10万円が還付されるとはならないのですか？
  返信日：2026-02-08
- 税理士・会計事務所からの返信
  還付はされません。10万納付するだけです。勘違いが起きていますね。
  返信日：2026-02-08
- 質問者からの返信
  未納付の源泉徴収税額の200,000円はどこへ行ってしまうのですか？
  返信日：2026-02-08
- 税理士・会計事務所からの返信
  未納付は、得意先が、税務署に対してこれから払う源泉がいくらありますよ、というメッセージを伝えるものです。ご自身には何ら関係ありません。
  返信日：2026-02-08
- 質問者からの返信
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岸本潤征税理士事務所
福井県敦賀市呉竹町１丁目３２番地２３ＣＯＭＦＯＲＩＡ呉竹２０１号室
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例えば、「報酬料金の支払調書」で支払金額3,000,000円、源泉徴収税額300,000円で内書き記載がそれぞれ支払金額1,000,000円、源泉徴収税額100,000円とします(便宜上、復興所得税は無視します)。

この前提に従って、決算書から確定申告書を作成した場合に「給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」によれば、源泉徴収票の作成日現在で未払のものがあり源泉徴収すべき所得税及び復興特別所得税を徴収していないときは、その未徴収税額を内書きすることとなっています。
そして、確定申告書の源泉徴収税額の記載に当たっては、「・・・源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額・・・」を記載することとれています(所得税法第120条第1項第四号)。
ここにいう源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額の意味は、「・・・所得税法の源泉徴収の規定に基づき、正当に徴収された又はされるべき所得税の額を意味するものであり・・・」(平成18年11月27日裁決)とされています。
従いまして、「49　源泉徴収税額」の金額は未納付の源泉徴収税額を含んだ金額を記載することになります。

例えば、「報酬料金の支払調書」で支払金額3,306,300円、源泉徴収税額306,300円で内書き記載がそれぞれ支払金額1,102,100円、源泉徴収税額102,100円とします。

上記に従って、決算書から確定申告書を作成した場合に質問者の方は
　50　申告納税額　　100,000
　52　第三期納税額　100,000
　61　未納付の源泉徴収税額　200,000円
という例示を示していただきましたが、上述の例によりますと
　49　源泉徴収税額の金額は300,000円と記載されているかどうかを、ひとまず確認いただければと思います。
そして、質問者の例示でいえば未納の記載があっても、相田会計事務所様の結論の通り内容は変わりませんが、50　申告納税額及び53　第三期納税額がそれぞれ△100,000円であれば、源泉徴収税額の納付届出書が関係してまいります。
国税庁㏋において同届出書は、「所得税の確定申告において、還付金の対象となる源泉所得税額のうちに未納付のものがあり、その後、未納付の源泉徴収税額が納付された方」とされているのはこのためです。
回答日：2026-02-10
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結論として、この場合は10万円を納付するだけで、別に20万円が還付されることはありません。未納付の20万円は、申告書の計算の中ですでに差し引かれている（相殺済み）と考えると分かりやすいと思います。既存の回答を整理して補足します。

①未納付分も「源泉徴収税額」に含めて差し引いています
確定申告では、所得税額から「源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額」を差し引きます（所得税法120条1項4号）。まだ納付されていない分も、ここに含まれます。
例えば、年税額40万円、源泉徴収税額30万円（うち未納付20万円）なら、40万円－30万円＝10万円を納めます。未納付分を含めなければ30万円の納付になるところ、すでに20万円少なくなっています。
「未納付の源泉徴収税額」の欄は、源泉徴収税額のうち未納付の分を示す内訳です。まず、源泉徴収税額の欄に未納付分を含めた金額が入っているかをご確認ください。

②納付届出書は「還付になる場合」の手続です
申告の結果が還付となり、その中に未納付の源泉徴収税額が含まれるときは、その部分は納付されるまで還付されません（同法138条2項）。その後、未払の報酬等が支払われて源泉徴収されたときに、「源泉徴収税額の納付届出書」を提出して還付を受けます（国税庁タックスアンサーNo.2031）。
今回のように申告の結果が納付となる場合は、この届出書で相殺する場面ではありません。

③20万円のゆくえ
源泉徴収票等に内書きされる未納付分は、未払の給与等に係るもので、支払われる時に源泉徴収されるとされています（No.2031）。報酬の場合も同様に考えられます。
つまり、20万円は未払の報酬を支払う時に、支払者が源泉徴収して納付するものです。ご相談者はその分を今年の申告ですでに差し引いているため、損をしているわけではありません。翌年分の申告で、同じ税額を重ねて差し引かないようご注意ください。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。
回答日：2026-09-29
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