売掛金の回収の自動取込の仕訳について

昨年開業して弥生会計にて確定申告を初めて行います。
レジとスマート取込を連携しているのですが、店舗でのクレジットカードやQRカード決済などは自動的に"収入"タブの「売掛金」として入力されるのですが、売掛金が振り込まれた際に”収入”タブの「売上」として登録されるのですが、弥生会計の掛け売上の入力方法には”振替タブ”での登録と記載がありました。
現状の”収入”タブのままでは売上が二重になったりなど問題はあるのでしょうか。