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期ズレがあった場合のペナルティについて

本来正しい所得が1期目150万円2期目100万円だったところ
申告上は誤って1期目100万円2期目150万円になっていた場合Ⓐは
1期目に50万円の売上漏れ等の期ズレで延滞税などかかるのだろうと思うのですが

逆に正しい所得は1期目100万円2期目150万円だったところ
申告上は誤って1期目150万円2期目100万円となっていた場合はどうなのでしょうか？
2期合計の所得は同じで納税が先行しているから延滞税などのペナルティは無しなのでしょうか？
それとも1期も2期も誤りで、それぞれ別々で更正の請求というのをくらって、1期目は還付になるけど納税者の誤りだから利息的な還付加算金はつかず、2期目は売上漏れ等の期ズレで延滞税がかかって、結果的には利息的なペナルティが生じてしまうものなのでしょうか？

また、そもそも最初の場合Ⓐについて例えば既に4期の申告納付も済み5期目に突入していた場合
1期目の50万円の過小申告について、2期目でプラマイゼロになるので約1年分の延滞税となるのか
それとも2期でその分過大に納めているとか関係なく現時点までの約3年以上分の延滞税がかかってしまうのでしょうか？

  • 税務調査
  • 投稿日：2026/06/15
  • 回答件数：3件
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税理士・会計事務所からの回答

  • 相田会計事務所シルバー

    東京都文京区千石３－１４－５パークハイム千石４０３

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    1期目が間違い。過小申告だった。過少申告加算税と、延滞税がかかる。2期目は過大申告だった。税務署は、更正の請求をされてから、期限内に還付すればよいのかと。

    回答日：2026-06-15

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    • 平賀大二郎税理士事務所

      東京都新宿区高田馬場1丁目31番8号高田馬場ダイカンプラザ805

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      少なく申告した期は、延滞税と過少申告加算税がつきます。
      また、申告額などは基本的に２期通算で考えてはくれません。

      回答日：2026-06-16

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      • 公認会計士税理士甲田拓也事務所プラチナ

        東京都新宿区西新宿１－２６－２新宿野村ビル２３階

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        【1つ目のご質問（誤って1期目150万円、2期目100万円としていた場合）】
        税務上は各事業年度ごとに判断しますので、
        1期目と2期目を通算して考えることはありません。

        例えば、
        ・正しい所得
        1期目：100万円
        2期目：150万円

        ・申告所得
        1期目：150万円
        2期目：100万円

        の場合、
        1期目は過大申告
        2期目は過少申告
        として、それぞれ別に取り扱われます。

        そのため、
        「2期合計では所得が同じだから問題なし」
        とはならず、
        1期目は更正の請求等（※）による還付の対象となり、
        2期目は追加納税・延滞税の対象になると考えられます。
        ※
        更正の請求は税務署が行うものではなく、
        納める税金が多すぎた場合や還付される税金が少なすぎた場合に、
        これらの金額を正しい額に訂正するために
        納税者が提出する請求になります。

        【2つ目のご質問（Aのまま5期目に突入した場合）】
        このケースでも、
        2期目で多く納税していたことを理由に、
        1期目の不足税額と自動的に相殺されるわけではありません。

        例えば5期目になってから誤りが判明した場合、
        1期目の不足税額について、
        法定納付期限の翌日から、実際に納付する日までを基準に
        延滞税が計算されることになると思われます。

        【まとめ】
        ・税務上は各期ごとに判断し、複数年度を通算しない
        ・過大申告と過少申告は別々に処理する
        ・後の年度で多く納税していても、自動的に相殺されるわけではない
        ・過少申告があった年度については、原則として延滞税の対象となる

        ※
        還付加算金や延滞税の取扱いは、
        手続や事案によって異なる場合がありますので、
        個別確認が必要と思われます。

        ※本回答は、一般的な前提に基づく参考意見を示したものであり、
        個別具体的な事情や事実関係によって結論が異なる場合があります。
        実際の申告・手続等を行う際は、
        必ず最寄りの税理士等の専門家へご相談・ご確認ください。

        ＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

        もし差し支えなければ、
        ベストアンサーにご選定いただけますと、
        大変励みになります！

        どうぞよろしくお願いいたします。

        回答日：2026-06-16

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