支払通知書・仕入明細書によるインボイス対応で相手方の保管不備がある場合について

インボイスについては支払通知書・仕入明細書による対応も認められていると思います。
弊社が買い主で、相手が売り主で、弊社が支払通知書を発行送付する場合について
もし売り主の相手方が支払通知書をきちんと保存していなかった場合（仮に保存していたとしても反面調査の際にどこに保存してあるか分からず税務署に提示出来なかった場合も）買い主である弊社側の仕入税額控除が否認されるようなペナルティがあるでしょうか？
もちろん「送付後一か月以内に連絡ない場合は確認済とします」の文言は記載します。
現金で支払う先について番号は書いてあるのですが税額も税率も記載してない領収書がありまして、仮に今記載をお願いして最初はきちんとされても、手書きで手間がかかるという事でそのうちまた不記載に戻るリスクを考えると、支払通知を送る対応の方が確実かなと思ったのですが、送っても相手に雑な保管をされるとそれもリスクなのかなとも思い。
ちなみに業種的に簡易インボイスに該当するのかも微妙ですし、簡易でも税額か税率のどちらかは記載必要なので簡易インボイスとしての対応も難しいかなと
弊社が10年以上前に民事再生で相手に損失を与えているので請求書による掛け取引も難しい状況です

税務調査

投稿日：2026/06/14
回答件数：3件

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税理士・会計事務所からの回答

平賀大二郎税理士事務所
東京都新宿区高田馬場1丁目31番8号高田馬場ダイカンプラザ805
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ご質問の件、
売り主の相手方が支払通知書をきちんと保存していなかったからといって、それだけで買い主である御社の仕入税額控除が否認されることはありません。

御社としては
①支払通知書の控を保存する
②支払通知書にインボイスとしての必要事項が記載されている
　（売り主の登録番号、税率ごとの区分と税額など）
③送付後一か月以内に連絡ない場合は確認済とします。の文言
④送付した事実と相手に到達したことがわかる記録

今回の質問事項のポイントは、④の事項をどれだけ客観的に行うかということになります。

・郵送であれば書留、特定記録郵便を利用する方法があります。
・電子データ送付用ツール（支払通知書用ソフト）を使う（送付、開封などがわかる）。
・電子メール＋通常郵便（送付履歴表や画像の保存）の両方で管理する。

どの方法でないといけない、ということではありませんので御社が対応できる方法になろうかと思います。

ご参考になれば幸いです。
回答日：2026-06-14
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顧問税理士の方の助言を聞かれるのが一番かと存じます。継続的なものであれば、金額が膨らみがちですので。原則的な対応が難しいのであれば、QA等で一部、緩和されたものもあります。これが、支払通知書の取り扱いですが、緩和に緩和を重ねた場合で、更に例外を重ね、それが積み重なるのかという不安は、この事案だけではなく、他の全般的な状況等を見て、位置づけを助言いただくのが先決かと存じます。ご参考までに。
回答日：2026-06-15
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貴社の仕入税額控除が否認されることはありません。支払通知書等による仕入税額控除の要件は、相手方の確認を受けた書類を「買い主側が適切に保存すること」です。「期限内に連絡がない場合は確認済とする」文言によるみなし確認も有効であり、貴社が発行の控えを確実に保存していれば適法となります。売り主側の紛失は売り主自身の保存義務違反の問題にとどまり、貴社に不利益は及びません。
回答日：2026-06-15
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